Nein, da liegst Du falsch, der Nginx im Container ist NICHT der der das Zertifikat braucht!
Um ein Zertifikat für einen Nginx auf dem Host per Let’s Encrypt und Certbot zu installieren:
apt update && apt install python3-certbot-nginx
certbot --nginx -d egw.example.org
# fragen des Certbot nach EMail und redirect beantworten: sollte man unbedingt beides machen!
egw.example.org mit der gewünschten Domain ersetzen und wichtig: Port 443 UND 80 müssen offen sein.
Ralf