Frage ist erst mal wovon Du sprichst:
a) einer eigenen eTemplate(1) Anwendung: hier sind eTemplate in der DB und können gedumped werden, der dump wir dann normal commited und auf dem neuen System automatisch importiert
b) einer eigenen eTemplate2 Anwendung: hier werden die Templates im Dateisystem gespeichert und Du kannst sie wie Deine Sourcen verteilen, dh. z.B. committen und auschecken
c) Anpassungen bestehender Anwendungen: die sind ja inzwischen alle eT2, sprich Du kannst einen Patch machen und versuchen den zu applyen. Falls Du RPM/DEB Pakete verwendest gibt es im EPL (unsere kostenpflichtige Subscription) eine Möglichkeit mit einem speziellen Treiber diese im Dateimanager zu verwalten, machen wir z.B. im Hosting.
Ralf