Ok, das Problem ist das wir bisher nicht mit Debian 9 getestet haben.
Für Ubuntu 16.04 liefern wir z.B. ein aktuelles docker-compose aus unserem Repo mit, das das Docker Compose Fileformat Version 3 versteht. Unter Ubuntu 16.04 gibt es aber zumindestens Docker selbst mit dem docker.io Paket.
Da docker-ce anscheinend auch docker-compose in einer älteren Version mitliefert.
Was für eine Docker bzw. Docker-Compose Version hast jetzt für Debian 9 installiert?
Ralf