upgrade upgradet alles ausser die EGroupware-Pakete, zumindest ist es so auf den zwei Ubuntu 16.04, die ich betreue.
So viel ich weiss ist dies “normal” wenn durch ein Upgrade neue Pakete installiert werden oder Konfigurations-Dateien überschrieben werden (z. B. bei Kernel-Updates, wo der alte in der Regel erhalten bleibt).
Bei EGroupware werden die Pakete eigentlich durch die neuen ersetzt, daher ist mir auch nicht klar warum dist-upgrade nötig ist, aber es ist so unter Ubuntu.
Yann